FASTA
przechodzimy do ich dopasowania. Dopasowanie można wykonywać przy pomocy programów uruchamianych z linii komend. Kolejnym etapem jest ręczne poprawianie dopasowania zwykle połączone z przycinaniem zebranych funkcji. Ten etap najwygodniej jest wykonywać używając programów ,,okienkowych''. Programy z interfejsem graficznym zwykle mają także funkcje dopasowania sekwencji, często zresztą poprzez uruchamianie programów działających w linii komend.atp6
atp6-surowe.fasta
:nr_rodzaj_gatunek
, np: AY007817_Daucus_carota
. Wykonaj poprawki w edytorze tekstu, lub używając odpowiedniej komendy, np:atp6-surowe.fasta
.Mafft
(ten wyżej).Align->Realign everything
KU180476
. Sprawdź gdzie zaczyna się prawidłowe miejsce początku pierwszego kompletnego kodonu w części wspólnej dopasowanych sekwencji.<Ctrl>+<Del>
(warto go zapamiętać) lub odpowiedniej pozycji w pasku menu: Edit->Delete selected
.STOP
oznaczonych szarym kolorem.STOP
będą wyświetlone jako litera x
.G
, który w zasadzie pasowałby równie dobrze po obu stronach indelu. Nieco inaczej jest w Ajuga reptans, tam nukleotyd C
nie pasuje do żadnego nukleotydu w innych sekwencjach:G
w pierwszej sekwencji zostało umieszczone prawidłowo, natomiast C
przy drugim indelu należy przesunąć w lewo. Nukleotydy przesuwamy klikając na nie i przeciągając kursorem myszy, przy więcej niż jednym nukleotydzie należy wcześniej zaznaczyć odcinek, który chcemy przemieścić.atp6-dopasowane.fasta
.muscle
. Sprawdź jak go używać używając komendy:Aliview
.mafft
oferuje dużo więcej opcji niż muscle
, uruchom:mafft
bez dodatkowych opcji:Aliview
widać, mafft
domyślnie zmienia wielkość liter w sekwencjach na małe, raczej tego nie chcemy, dlatego użyjemy opcji --preservecase
trnL-trnF-GB.fasta
:FASTA
nie jest pusta, jeśli tak to usuń ją.atp6
.muscle
.mafft
, także z opcją --auto
oraz --op
(sprawdź co oznaczają).